Στη φύση τα άτομα πολλών στοιχείων, όπως αυτά του υδρογόνου Η, του οξυγόνου Ο και του αζώτου Ν, ενώνονται μεταξύ τους και έτσι αυτά τα στοιχεία υπάρχουν ελεύθερα μόνο ως μόρια. Τα μόρια αυτά ονομάζονται μόρια χημικών στοιχείων και τα στοιχεία διατομικά στοιχεία.

Τα στοιχεία στη φύση δεν υπάρχουν όλα ως μόρια. Μερικά όπως το νέον Ne, το αργό Ar, το κρυπτό Kr και το ξένο Xe αποτελούνται από ανεξάρτητα άτομα, είναι δηλαδή μονατομικά, δεν είναι τόσο δραστικά και δεν σχηματίζουν εύκολα μόρια. Τα στοιχεία αυτά είναι αέρια και καλούνται ευγενή αέρια.

Όταν όλα τα άτομα ενός μορίου είναι διαφορετικά προκύπτει το μόριο μιας χημικής ένωσης. Τα περισσότερα μόρια στη φύση είναι συνδυασμός διαφορετικών στοιχείων και αποτελούν τις χημικές ενώσεις, όπως για παράδειγμα το μόριο του νερού που αποτελείται από δυο άτομα υδρογόνου και ένα άτομο οξυγόνου.

Όμως όλες οι καθαρές χημικές ουσίες, δηλαδή τα χημικά στοιχεία και οι χημικές ενώσεις δεν αποτελούνται αποκλειστικά από μόρια. Μερικές χημικές ενώσεις αποτελούνται από ιόντα. Για παράδειγμα, το χλωριούχο νάτριο, δηλαδή το μαγειρικό αλάτι, που αποτελείται από κατιόντα νατρίου Na⁺ και ανιόντα χλωρίου Cl^- σε αναλογία 1:1, τα οποία σχηματίζουν ένα κρυσταλλικό πλέγμα. Το πλέγμα αυτό συγκρατείται σταθερά, από τις έλξεις μεταξύ των αντίθετα φορτισμένων ιόντων και τις απώσεις μεταξύ των όμοια φορτισμένων. Ο δεσμός που συγκρατεί το πλέγμα ονομάζεται ιοντικός.

Τέλος, τα μέταλλα δεν αποτελούνται από μόρια. Τα άτομα του στερεού χαλκού για παράδειγμα είναι διατεταγμένα στο χώρο σε ένα μεταλλικό πλέγμα. Στο πλέγμα αυτό, οι πυρήνες των ατόμων παραμένουν σε σταθερές θέσεις ενώ τα ηλεκτρόνια τους κινούνται μέσα στο στερεό. Στο στερεό δε διακρίνονται μεμονωμένες ομάδες ατόμων που θα μπορούσαν να χαρακτηριστούν ως μόρια. Τα μέταλλα συγκρατούν το σχήμα τους με την ανάπτυξη του μεταλλικού δεσμού.