Στη φύση τα περισσότερα άτομα δε βρίσκονται σε ελεύθερη κατάσταση. Αυτό συμβαίνει γιατί τα άτομα έχουν την τάση να σχηματίζουν σχεδόν αμέσως ομάδες με άλλα άτομα για να προκύψουν πιο σταθερές δομές. Οι ομάδες ατόμων αυτές καλούνται μόρια. Συνεπώς, στις περισσότερες περιπτώσεις το μόριο είναι η μικρότερη οντότητα της ύλης που μπορεί να υπάρξει σε ελεύθερη κατάσταση.

Τα μόρια είναι ηλεκτρικά ουδέτερα, δηλαδή δεν έχουν φορτίο. Από αυτά όμως μπορούν να προκύψουν με πρόσληψη ή αποβολή ηλεκτρονίων μοριακά ανιόντα κα μοριακά κατιόντα αντιστοίχως,

Ένα μόριο μπορεί να αποτελείται από άτομα του ίδιου ή διαφορετικών στοιχείων. Όταν το μόριο απαρτίζεται από διαφορετικά άτομα, τότε αποτελεί μια χημική ένωση. Ένα μόριο μπορεί να αποτελείται από μόλις δυο άτομα όπως, το μόριο του υδρογόνου ή το μονοξείδιο του άνθρακα ή να απαρτίζεται από χιλιάδες άτομα όπως, μια μεγάλη πρωτεΐνη.