Το μέγεθος των ατόμων είναι παρά πολύ μικρό για να γίνει αντιληπτό από το ανθρώπινο μάτι. Όμως, σύμφωνα με τη θεωρία του Ντάλτον, τα άτομα μοιάζουν με μικρές σφαίρες. Σύγχρονες μελέτες των ατόμων με ηλεκτρονικά μικροσκοπία ενισχύουν αυτήν την άποψη.

Έτσι, επικράτησε για την αναπαράσταση του μικρόκοσμου να χρησιμοποιούμε προσομοιώματα, όπου κάθε άτομο παριστάνεται από μια σφαίρα.

Για να γίνει ο διαχωρισμός ανάμεσα στα άτομα των διαφορετικών στοιχείων χρησιμοποιούνται για τα άτομα κάθε στοιχείου σφαίρες, με μέγεθος ανάλογο του πραγματικού μεγέθους του ατόμου όπως έχει προκύψει από τα πειραματικά δεδομένα. Επιπλέον, κάθε στοιχείο συμβολίζεται με σφαίρα διαφορετικού χρώματος όπως φαίνεται και στην εικόνα.

Τα διαφορετικά χρώματα χρησιμοποιούνται στις απεικονίσεις για να είναι εύκολος ο διαχωρισμός μεταξύ των ατόμων των διαφορετικών στοιχείων και έχουν συμφωνηθεί διεθνώς. Τονίζεται όμως ότι το χρώμα που χρησιμοποιείται δε σχετίζεται με το πραγματικό χρώμα των ατόμων καθώς, όλα τα άτομα είναι άχρωμα!