Η αλόγιστη χρήση λιπασμάτων προκαλεί περιβαλλοντικά προβλήματα. Τα λιπάσματα αποτελούνται κυρίως από άλατα που περιέχουν άζωτο και φωσφόρο. Τα άλατα αυτά είναι διαλυτά στο νερό της βροχής και έτσι μπορούν να εισέλθουν στα υπόγεια ύδατα, στις λίμνες, τα ποτάμια και τη θάλασσα. Ο εμπλουτισμός των υδάτων σε θρεπτικά συστατικά αζώτου και φωσφόρου προκαλεί υπερανάπτυξη των υδρόβιων φυτών και του φυτοπλαγκτόν ανατρέποντας την ισορροπία της ζωής μέσα στα νερά. Το φαινόμενο αυτό καλείται "ευτροφισμός".

Η συσσώρευση μεγάλων πληθυσμών αυτών των υδρόβιων οργανισμών οδηγεί στην κατανάλωση μεγάλων ποσοτήτων οξυγόνου, το οποίο όμως στερείται από τα ψάρια με αποτέλεσμα τη μείωση του πληθυσμού τους.

Με την εμφάνιση του φαινόμενου του ευτροφισμού η όψη του νερού είναι θολή, φαιοπράσινη και γενικά δίνει την εικόνα του βρώμικου. Το νερό γίνεται ακατάλληλο για πόση, για μπάνιο, για ψάρεμα και για άλλες ανθρώπινες δραστηριότητες.

Η μορφή αυτή της ρύπανσης είναι ένα παράδειγμα ανατροπής της ισορροπίας ενός οικοσυστήματος, όπως μια λίμνη ή η θάλασσα. Στη Μεσόγειο θάλασσα υπάρχουν συχνά κρούσματα υπερβολικής ανάπτυξης του φυτοπλαγκτόν που δημιουργεί προβλήματα στην αλιεία και τους λουόμενους.