Οι απαρχές της οργανικής χημείας πάνε πίσω στα μέσα του 18ου αιώνα, όταν οι αλχημιστές αδυνατούσαν να ερμηνεύσουν τις μεγάλες διαφορές μεταξύ των ουσιών που παραλάμβαναν από ζωντανούς οργανισμούς με αυτές που προέρχονταν από τα ορυκτά ανόργανα υλικά.

Οι ουσίες από τα ζώα και τα φυτά καθαρίζονταν και απομονώνονταν πολύ δύσκολα. Ο όρος Οργανική Χημεία εισήχθει από το Σουηδό Χημικό Torbern Bergman. Τον καιρό εκείνο θεωρούσαν ότι οι οργανικές ενώσεις περιείχαν μια ζωτική δύναμη που τις κάνει να διαφέρουν από τα ανόργανες.

Μια σημαντική στιγμή στην ιστορία της οργανικής χημείας ήταν η πρώτη, αλλά και τυχαία, σύνθεση οργανικής ουσίας από ανόργανα αντιδρώντα, από τον Friedrich Wholer. Συνέθεσε ουρία από κυανικό αμμώνιο. Ενθουσιασμένος έγραφε στον καθηγητή και φίλο του Berzelius: "Μπορώ να παρασκευάσω ουρία χωρίς την ανάγκη νεφρών, ούτε ακόμη και ζώντος οργανισμού, σκύλου ή ανθρώπου".

Στα μέσα του 19ου αιώνα ήταν πια σαφές ότι δεν υπάρχει ζωτική δύναμη. Οι ίδιες αρχές εφαρμόζονται και στις οργανικές και στις ανόργανες ενώσεις. Το μόνο χαρακτηριστικό που διακρίνει τις πρώτες είναι ότι όλες περιέχουν άνθρακα.