Ο μεγαλύτερος σκοπός των αλχημιστών ανά τους αιώνες ή όπως τον αποκαλούσαν στα λατινικά Magnum Opus ήταν η παρασκευή της Φιλοσοφικής λίθου. Μια ουσία με μυθικές ικανότητες, όπως η μετατροπή των μετάλλων σε πολύτιμα μέταλλα και η παρασκευή του ελιξίριου της αθανασίας.

Η πρώτη αναφορά στη φιλοσοφική λίθο γίνεται από τον πρώτο αλχημιστή, τον Ζώσιμο τον Πανοπολίτη το 300 μ.Χ. Οι θεωρίες για την ύπαρξη της έχουν τις ρίζες τους στην αρχαία ελληνική φιλοσοφία και τα τέσσερα στοιχεία που σχηματίζουν τον κόσμο τον αέρα, τη γη, το νερό και τη φωτιά. Ο Παράκελσος κατά την αναγέννηση πίστευε ότι τα τέσσερα αυτά στοιχεία προέρχονται από την ίδια τη φιλοσοφική λίθο. Οι αλχημιστές πίστευαν επίσης ότι η φιλοσοφική λίθος δόθηκε στον Αδάμ από τον ίδιο τον Θεό.

Οι προσπάθειες για την παρασκευή της ήταν πολλές και αποτελούνταν από πολλά και πολύπλοκα στάδια με τελευταίο και επιβεβαιωτικό στάδιο αυτό της μετατροπής του μόλυβδου σε χρυσό. Η φιλοσοφική λίθος σε αυτό το στάδιο θα είχε ένα βαθύ κόκκινο χρώμα. Υπήρχε και μία λευκή εκδοχή της η οποία ήταν όμως πιο αδύναμη και αντί για χρυσό μετέτρεπε τα μέταλλα σε άργυρο. Είναι προφανές ότι καμία προσπάθεια παρασκευής της λίθου δε στέφθηκε με επιτυχία.

Η φιλοσοφική λίθος ήταν βαρύτερη από τον χρυσό, ευδιάλυτη σε όλα τα υγρά αλλά δεν μπορούσε να καταστραφεί από τη φωτιά.

Μια άλλη από τις ιδιότητες της λίθου ήταν η παρασκευή του ελιξίριου της αθανασίας, με διάλυση σκόνης από την πέτρα σε κρασί, το οποίο μπορούσε να θεραπεύσει όλες τις ασθένειες, να μετατρέψει τα γηρατειά σε νεότητα με συνέπεια την αιώνια ζωή και ακόμη τη μετάβαση από μια γήινη σε μια υπερφυσική ύπαρξη.

Η «φιλοσοφική λίθος» η οποία δεν είναι λίθος, όπως συνήθιζαν να λένε οι αλχημιστές, σε παλαιότερα κείμενα αναφέρεται ως «βαφή» ή ως «σκόνη» (ξήριον) που από τα αραβικά (al-iksir) πέρασε στα Λατινικά ως elixir (ελιξίριο). Μερικές φορές την έλεγαν φάρμακο για την ανόρθωση των «βασικών» ή «άρρωστων» μετάλλων και από εκεί δεν απείχε από το να θεωρηθεί ως φάρμακο για την αποκατάσταση της υγείας του ανθρώπου.

Ο Βρετανός Φρέντερικ Σόντυ που πήρε το Βραβείο Νόμπελ Χημείας το 1921 αναφέρει για τη φιλοσοφική λίθο στο βιβλίο του "Το Ράδιο, H ερμηνεία και διδασκαλία της ραδιενέργειας":

«Παρουσιάζει ενδιαφέρον να στοχαστεί κανείς πάνω στον περίφημο θρύλο της "φιλοσοφικής λίθου", που είναι μία από τις παλαιότερες δοξασίες και της οποίας η καταγωγή, όσο κι αν ανατρέξουμε στο παρελθόν, είναι αδύνατο να ανευρεθεί.

Απέδιδαν στη φιλοσοφική λίθο τη δύναμη, όχι μόνο να πραγματοποιεί τη μεταστοιχείωση των μετάλλων, αλλά και να ενεργεί επίσης σαν ελιξίριο της ζωής.

Άσχετα όμως προς την καταγωγή του συνδυασμού αυτού ιδεών, που φαινομενικά στερείται κάθε νοήματος, αποδεικνύεται στην πραγματικότητα σαν μια σαφέστατη αλληγορική έκφραση του σημερινού μας τρόπου να βλέπουμε τα πράγματα.

Δεν χρειάζεται να καταβάλουμε μεγάλη προσπάθεια για να δούμε στην ενέργεια την ίδια τη ζωή του φυσικού σύμπαντος. Να είναι λοιπόν απλή σύμπτωση η πανάρχαια αυτή συνταύτιση της μεταστοιχείωσης και του ελιξίριου της ζωής; Προτιμώ να πιστεύω ότι ίσως είναι ένας αντίλαλος από μια παμπάλαια εποχή των προϊστορικών χρόνων που άνθρωποι ακολούθησαν πριν από μας τον ίδιο ακριβώς δρόμο που σήμερα πατούν τα πόδια μας».